看来你并不了解方案三。
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其实方案三与方案二是同一个，就是ArcGIS引擎＋通用编程语言的模式。
方案一是IDL引擎＋通我编程语言的模式。
选择方案，需要比较的有两方面：
首先，确定选用哪种图形引擎：根据功能来看，你对图形引擎没有特殊需求，选哪种似乎都行；
其次，使用的语言中提到VC、VB和Python，如果没有特殊理由(比如某些地方限定必须使用等)，最好采用Python，一方面是灵活，一方面是易学易用，至少比VC节省一半的工作量。
最后，在选用图形引擎时，如果你没有特殊倾向，而且功能也够用，本人建议采用ArcGIS引擎，这样至少能节省在数据管理方面的工作量。
这是保存到二维数组里的，希望对你有帮助
public static System.Array RasterArray(IRaster raster, ref object novalue)
{
IRasterProps props = (IRasterProps) raster;
novalue = props.NoDataValue;
IPnt pBlockSize = new PntClass();
pBlockSize.SetCoords((double) props.Width, (double) props.Height);
IRaster2 raster2 = (IRaster2) raster;
IPixelBlock pixelBlock = raster2.CreateCursorEx(pBlockSize).PixelBlock;
pBlockSize.SetCoords(0.0, 0.0);
raster.Read(pBlockSize, pixelBlock);
IPixelBlock3 block2 = (IPixelBlock3) pixelBlock;
return (System.Array) block2.get_PixelData(0);
}